道光3年（1823年），由于曾文溪改道，导致台江内海淤积，形成了四草内海，后来逐渐变成沼泽，再被开发为盐场与鱼塭，池里底栖生物丰富，吸引许多鸟类来此觅食、栖息，加上为维持盐田及鱼塭的水路循环而开辟的水道系统，水道旁遍生榄李、海茄苳、五梨跤等红树林植物，自然生态丰富。
台湾目前只剩下四种红树林：榄李、海茄冬、五梨跤和水笔仔，在保护区内就有三种，四草野生动 物保护区计划目的为保存四草地区特有之榄李林相，并复育已被破坏之红树林生育地。
四草位于鹿耳门溪东南方，盐水溪的西北方，台南西部滨海公路的西南方，盐水溪及嘉南大圳汇集处的北方。为台湾四大湿地之一，台南市政府于民国83年11月30日公告成为「台南市四草野生动 物保护区」，面积为515.1公顷，包含公有地、公有河川地及私有鱼塭。共分为三个区域︰
■高跷行鸟繁殖区
位于滨海公路与显草街交会口南侧，面积50公顷。
此区多为盐田、鱼塭、灌木丛，目前四草地区的盐田已全部停产，由于有稳定的营养盐循环，夏天会有高跷行鸟、东方环颈行鸟至此繁殖，冬天则群聚大量的鹬行鸟科、鹭科鸟类。
■水鸟保护区
位于盐水溪河口东岸区，面积335.1公顷。
此区多为盐田、鱼塭、灌木丛、潮沟，鱼塭冬季收成放干后，池底残存的鱼类及底栖生物提供水鸟丰富的觅食环境，而废弃的鱼塭则形成半天然的沼泽则成为鸟类栖息地。鱼塭区冬季以鹬行鸟科、鹭科、雁鸭科为主，夏季则常有鸥科鸟类出现。密布的潮沟则为秧鸡科、翠鸟的栖息场所。 每年9月～11月为水鸟大量南下的迁移期；过境的候鸟在这里暂驻、觅食，部份的候鸟在此过冬，到了翌年3月下旬～5月中旬，候鸟才北返迁移。
■湿地保护区
位于鹿耳门溪西岸，此区主要是保护湿地、海岸植物及现存的鸟类，面积130公顷。
此区位鹿耳门溪出海口处，且多为鱼塭、灌木丛、防风林、潮沟。四草地区的潮间带多分布于出海口，因为此地位于河海交界，盐分较低、水流缓慢，适合动 、植物栖息，孕育丰富的鱼虾贝类等底栖生物，退潮时经常吸引成群的鸟类及招潮蟹前来觅食。在湿地保护区旁可见一大片木麻黄防风林，在这里可见到喜鹊及鹭科鸟类，秋天过境时期偶尔会有赤腹鹰等迁移性 鸟类暂栖。
资料来源：
资料日期：2003-05-07
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